그리프스 전역에서 행방불명 된 샤아 아즈나블이 지오니즘을 들고 다시 나타나, 사이드 1의 난민용 콜로니 스위트 워터를 점거하고 네오지온을 일으켜 연방정부에 선전포고를 한 시점부터, 액시즈 낙하 작전 실패와 샤아 아즈나블이 실종되어 사실상 패배한 시점까지의 전쟁을 말한다.
제1차 네오지온 항쟁기와 같이 그리프스 전역기보다도 더 소규모의 전쟁이었으며, 연방함대와 네오지온 함대가 직접 충돌한 것은 단 세 차례 뿐인 대규모 전쟁이라고 불리기 힘든 규모였다. 이는 샤아가 일으킨 2차 네오지온 자체가 워낙에 작은 세력이었으며, 지구연방군측에서도 이 작은 규모를 경시한 나머지 정치적인 영역으로 해결을 보려고 한 성향 때문이다.
선전포고 직후, 연방군의 방심을 틈탄 네오지온은 5th 루나를 점거하여 티벳의 라사에 낙하시키는 데 성공하였다. 이때의 연방 방어병력은 론드 벨 단 1개 함대였으며 결국 저지에 실패하여 네오지온의 첫 작전은 성공으로 끝났다. 이에 연방정부는 무력행사가 아닌 정치 거래로, 샤아에게 채굴기지가 된 액시즈를 넘겨주는 대신 네오지온군의 무장해제를 요구했고, 샤아는 이를 역이용해서 거래에 응하는 척 하면서 더미로 위조한 함대를 연방앞에 보여주고는 정예부대로 기습을 감행하여 루나 2를 공격해 점거하는데 성공한다.
당시 핵병기가 저장되어 있는 루나 2의 점령으로 내부의 핵을 자유롭게 쓸 수 있던 네오지온은 그 핵들을 이용해서 액시즈의 핵펄스엔진을 가동하여 지구에 낙하시킨다. 그러나 연방군의 필사적인 방어와, 사이코프레임의 공명으로 액시즈는 지구에 낙하하지 못하고 궤도를 벗어나면서 최종전에서 네오지온의 패배로 끝나게 된다.
이 전쟁을 끝으로 네오지온은 패망하고, 그 외에는 지온 공국군의 잔당(예를 들어 소데츠키나 화성지온 잔당들)들만이 후대에 나타날 뿐 제대로 된 세력으로 나타나진 못하게 된다.
