최초의 체결대상은 일년전쟁 중 지구연방과 지온공국. 루움 전투에서 대승을 거둔 지온공국은 지구연방을 압박해 0079년 1월 31일 휴전협정 체결을 추진한다. 하지만 지온공국에 포로로 붙잡혀있던 요한 이브라힘 레빌 장군이 탈출에 성공해 "지온에는 병사가 없다"고 밝히는 바람에 휴전쪽으로 기울던 지구연방 내부 의견이 철저항전으로 돌아섰고, 결국 휴전협정은 어영부영 하다가 군사조약으로 변경되어 NBC 무기와 질량 병기(콜로니, 소행성 낙하) 사용을 금지하는 남극조약으로 마무리되었다.
 

우습게도 이는 오히려 지온공국의 손발을 묶는 결과로 돌아오고 말았다. 지온공국은 전쟁 초기 핵병기와 독가스 등을 사용했으나 남극조약 체결로 인해 이러한 병기사용이 금지되었고, 무제한 소모전으로 변모한 전쟁에서 결국 체력이 딸리는 지온은 패하고 만다.
 

남극조약은 일년전쟁이 종전된 이후에도 그 실효성이 인정되어 계속 유지되는데, 중간중간 남극조약을 어기려는 시도가 있었다. 마 쿠베 대령은 오데사 공략전 도중 핵미사일로 지구연방군을 협박하다가 발사했으나 하얀 악마가 핵의 탄두부분만 썰어버려서 불발로 끝났고, 0083년 비밀리에 핵무기 탑재 MS를 개발하던 지구연방군의 시도가 데라즈 플리트에 들켜서 콘페이토 핵테러 사건이 벌어졌고 티탄즈는 에우고와의 전투 중 자브로 기지를 핵폭탄으로 자폭시켜 에우고 몰살을 기도했다. 이후 샤아 아즈나블의 액시즈 낙하시도를 막기 위해 브라이트 노아 대령이 불법으로 반출된 핵미사일로 테러 요격을 시도하기도 했다. 어떻게 보면 일년전쟁 이후로는 지구연방군이 먼저 깨려고 하는 것처럼 보이지만 지온 잔당들도 핵테러, 루나 5th투하, 액시즈 낙하 시도 등 걸출한 위반 사례를 보여주신다.
 

하지만 이런 단편적인 사례를 제외하면 핵무기와 생화학 무기 사용은 거의 자취를 감추고, 2차 네오지온 봉기 이후에는 완전히 사라진다.
 

한 가지 주의할 점은 조약 당사자인 지구연방과 지온공국 이외에는 해당되지 않는다. 바꿔 말하자면 데라즈 플리트는 지온공국 정부의 공식발표를 무시했기 때문에 지온공국의 군사조직이 아니라 어디까지나 공국군의 탈영병 단체에 불과하며 이들이 연방의 남극조약 위반을 비난하는 것은 언어도단이다. 마찬가지로 티탄즈와 에우고의 사이에서도 적용이 되지 않으며 애시당초 네오 지온은 제대로 된 정부기구라고 볼 수도 없다. 원래 지온의 한 세력이었던 액시즈를 중점적으로 발생한 세력에 불과하기 때문에 이들도 지온의 정통후계자라고 볼 수는 없다. 그 태생적인 한계를 극복하기 위하여 작중에서 하만 칸이 미네바 자비를 내세우긴 했지만.
 

따라서 남극조약의 진정한 위반 사례는 오데사 건 이외에는 없다. 단지 남극조약 자체가 NBC 병기의 금지나 포로교환 등 전쟁에 있어서 최소한의 인도주의를 지키는 내용이기 때문에 당연시된 것뿐이다.

개나 소나 무시하는 유니우스 조약과 달리 나름 취급이 좋은 편이다. 이는 남극조약이 전쟁에 있어서 최소한의 가이드 라인으로 여겨진 탓이다. 이걸 안지키면 전 인류의 적이고 명분이고 뭐고 막장이 되니 높으신 분들도 이건 지키려 들었다.
 

사실 그보다는 이족보행 병기를 전쟁의 주역으로 만들기 위한 설정이라고 보는 것이 타당할 것이다. 당장 일년전쟁에서 NBC 병기 사용, 콜로니 낙하로 일주일만에 세계인구의 절반이 넘게 사망했다는 설정이나, 0083에서 GP-02A가 아토믹 바주카로 함대의 1/3을 날려버린다던가... 하는 연출 등, 남극조약이 없으면 왜 저런 좋은 무기 놔두고 MS 따위로 투닥대냐는 비판이 나올 수 있기 때문이다.