공식 명칭은 Hyper Deutrion Nuclear Reactor: 하이퍼 듀트리온 핵 반응장치로 듀트리온 빔 송전 시스템과 핵동력을 결합한 하이브리드 기관이다.
초기설정에는 핵엔진이라기 보다는 N 재머 캔슬러도 사용하지 않은 일종의 원자력 전지 비슷한 기관이었다. 원래는 데스티니 건담, 레전드 건담에만 탑재했으며 스트라이크 프리덤과 인피니트 저스티스 건담은 단순히 '파워가 올라간 신형 핵엔진'을 탑재했다는 설정이었다.
하지만, 이후 하이퍼 듀트리온 엔진은 N 재머 캔슬러를 사용하는 하이브리드형 핵엔진이며, 스트라이크 프리덤, 인피니트 저스티스, 데스티니, 레전드가 전부 사용하는 것으로 설정이 변경되었다.
이론상 절대로 파워다운 되지 않는다. 그런데 본편에서는 데스티니가 파워다운되는 모습을 보여주며 이는 애니의 오류라고 스태프가 직접 말했다.
차라리 설정을 안 바꿨으면 데스티니의 파워다운 장면이 오류가 아니었을것이다.
하지만 TV방영후에 발매된 스페셜 에디션에선 파워다운 장면이 잘렸다.
